Bioinformática Fúngica
Artigos completos publicados em periódicos
LENZ, ALEXANDRE RAFAEL; BALBINOT, EDUARDO ; SOUZA DE OLIVEIRA, NIKAEL ; ABREU, FERNANDA PESSI DE ; CASA, PEDRO LENZ ; CAMASSOLA, MARLI ; PEREZ-RUEDA, ERNESTO ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA ; DILLON, ALDO JOSÉ PINHEIRO . Analysis of carbohydrate-active enzymes and sugar transporters in Penicillium echinulatum: A genome-wide comparative study of the fungal lignocellulolytic system. GENE, v. 822, p. 146345, 2022. http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2022.146345
MENOLLI JR., NELSON ; SÁNCHEZ-RAMÍREZ, SANTIAGO ; SÁNCHEZ-GARCÍA, MARISOL ; WANG, CHAOQUN ; PATEV, SEAN ; KAZUE ISHIKAWA, NOEMIA ; MATA, JUAN L. ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; VARGAS-ISLA, RUBY ; LIDERMAN, LAUREN ; LAMB, MERIEL ; NUHN, MITCHELL ; HUGHES, KAREN W. ; XIAO, YANG ; HIBBETT, DAVID S. . Global phylogeny of the Shiitake mushroom and related Lentinula species uncovers novel diversity and suggests an origin in the Neotropics. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION, v. 28, p. 107494, 2022. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107494
CANO, REGNIER ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; GALAN-VASQUEZ, EDGARDO ; RAMIREZ-PRADO, JORGE H. ; PEREZ-RUEDA, ERNESTO . Gene Regulatory Network Inference and Gene Module Regulating Virulence in Fusarium oxysporum. Frontiers in Microbiology, v. 13, p. 861528, 2022. http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2022.861528
LENZ, ALEXANDRE RAFAEL; BALBINOT, EDUARDO ; DE ABREU, FERNANDA PESSI ; DE OLIVEIRA, NIKAEL SOUZA ; FONTANA, ROSELEI CLAUDETE ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA ; PARK, MYUNG SOO ; LIM, YOUNG WOON ; HOUBRAKEN, JOS ; CAMASSOLA, MARLI ; DILLON, ALDO JOSÉ PINHEIRO . Taxonomy, comparative genomics and evolutionary insights of Penicillium ucsense: a novel species in series Oxalica. ANTONIE VAN LEEUWENHOEK (DORDRECHT. ONLINE), v. 2022, p. 01746-4, 2022. http://dx.doi.org/10.1007/s10482-022-01746-4
ABREU, FERNANDA PESSI DE ; CASA, PEDRO LENZ ; DE OLIVEIRA, NIKAEL SOUZA ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA . Biotechnology Applications for Penicillium echinulatum: a Systematic Review. ENSAIOS E CIÊNCIA (CAMPO GRANDE. IMPRESSO), v. 25, p. 695-704, 2022. http://dx.doi.org/10.17921/1415-6938.2021v25n5-espp695-704
PEDRON CASSOL, MATHEUS ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; ZACARIA, RUDINEI ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA . Computational Environment for Genomic Sequencing and Annotation: a workflow for application in projects by life researchers. REVISTA CIENCIA E TECNOLOGIA, v. 1, p. 63-70, 2022. http://dx.doi.org/10.36995/j.recyt.2022.38.008
MELANDA, G. C. ; SILVA-FILHO, A. G. ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; MENOLLI, N. ; LIMA, A. D. ; FERREIRA, R. J. ; ASSIS, N. M. ; CABRAL, T. S. ; MARTIN, M. P. ; BASEIA, I. G. . An overview of 24 years of molecular phylogenetic studies in Phallales (Basidiomycota) with notes on systematics, geographic distribution, lifestyle, and edibility. Frontiers in Microbiology, v. 13, p. 1435, 2021. http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2021.689374
LENZ, ALEXANDRE RAFAEL; GALÁN-VÁSQUEZ, EDGARDO ; BALBINOT, EDUARDO ; DE ABREU, FERNANDA PESSI ; SOUZA DE OLIVEIRA, NIKAEL ; DA ROSA, LETÍCIA OSÓRIO ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA ; CAMASSOLA, MARLI ; DILLON, ALDO JOSÉ PINHEIRO ; PEREZ-RUEDA, ERNESTO . Gene Regulatory Networks of Penicillium echinulatum 2HH and Penicillium oxalicum 114-2 Inferred by a Computational Biology Approach. Frontiers in Microbiology, v. 11, p. 2566, 2020. http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2020.588263
ABREU, FERNANDA PESSI DE ; MENIN, R. P. ; DE OLIVEIRA, NIKAEL SOUZA ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; DE AVILA E SILVA, SCHEILA ; DILLON, ALDO JOSÉ PINHEIRO ; CAMASSOLA, MARLI . Papel da regulação gênica na ação de enzimas lignocelulolíticas. Revista Interdisciplinar de Ciência Aplicada, v. 4, p. 43-46, 2019.
Capítulos de livros publicados
LENZ, ALEXANDRE RAFAEL. Anotação Genômica. In: Scheila de Avila e Silva; Daniel Luis Notari; Gabriel Dall‘ Alba. (Org.). Bioinformática: Contexto Computacional e Aplicações. 1ed.Caxias do Sul: EDUCS, 2020, v. 1, p. 259-284. https://www.ucs.br/educs/arquivo/ebook/bioinformatica-contexto-computacional-e-aplicacoes/
Resumos publicados em anais de congressos
LENZ, A. R.; SUAREZ, D. G. F. ; Restovic, M. I. V. . Aplicações de Bioinformática Auxiliando Cientistas na Tomada de Decisão. In: II Encontro Baiano de Ciência, Tecnologia e Inovação & II Seminário de Inovação UNEB, 2024, Salvador. II Caderno de Resumos, 2024.
FERREIRA, E. S. ; LENZ, A. R. . PLASTICOME: Um Método Computacional Para Mineração Em Genomas Fúngicos A Fim De Encontrar Potenciais Enzimas Que Degradam Plásticos. In: X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024, Belo Horizonte. Anais do X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024.
LIMOEIRO, L. S. F. ; MELO, C. S. ; SILVA FILHO, A. G. S. E. ; DREWINSKI, M. P. ; VILLANI, M. P. ; COUTINHO, N. L. O. ; UETANABARO, A. P. T. ; LENZ, A. R. . Do Micoturismo À Conservação: O Papel Da Filogenia Molecular De Macrofungos Nas Micotrilhas Da Bahia. In: X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024, Belo Horizonte. Anais do X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024.
MELO, C. S. ; LIMOEIRO, L. S. F. ; SILVA FILHO, A. G. S. E. ; DREWINSKI, M. P. ; VILLANI, M. P. ; COUTINHO, N. L. O. ; UETANABARO, A. P. T. ; LENZ, A. R. . O Papel Do Inaturalist No Fomento Do Micoturismo Na Bahia. In: X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024, Belo Horizonte. Anais do X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024.
SILVA, E. S. ; GRIMA, J. V. F. ; BRANDAO, J. P. C. ; MENOLLI, N. ; LENZ, A. R. ; DREWINSKI, M. P. ; SANTOS JUNIOR, A. F. . Composição Multielementar (Micronutrientes) De Cogumelos Silvestres Comestíveis (Auricularia cornea) Oriundos Da Mata Atlântica, Empregando Espectrometria De Emissão Atômica Com Plasma Induzido Por Micro-Ondas (Mp Aes). In: X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024, Belo Horizonte. Anais do X Congresso Brasileiro de Micologia, 2024.
SILVA, E. S. ; BRANDAO, J. P. C. ; FREITAS JUNIOR, J. M. ; MENOLLI JR., NELSON ; LENZ, A. R. ; DREWINSKI, M. P. ; SANTOS, A. F. . Desenvolvimento e otimização de digestão por via úmida para determinação de elementos químicos em cogumelos comestíveis da espécie Auricularia cornea, por MIP OES. In: XV WORKSHOP DE QUIMIOMETRIA, 2024, Salvador. XV WORKSHOP DE QUIMIOMETRIA, 2024.
ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; LENZ, A. R. ; OLIVEIRA, N. S. ; BALBINOT, E. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Análise da rede regulatória do fator de transcrição CxrB envolvido na regulação do sistema lignocelulolítico de Penicillium echinulatum. In: XXVIII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2020, Caxias do Sul. XXVIII Encontro de Jovens Pesquisadores. Caxias do Sul: EDUCS, 2020.
LENZ, A. R.; DILLON, A. J. P. ; CAMASSOLA, M. ; DE AVILA E SILVA, S. ; ABREU, F. P. ; OLIVEIRA, N. S. ; BALBINOT, E. . Concepção de linhagens de Penicillium echinulatum hiperprodutoras de coquetéis enzimáticos. In: I INOVABIOTEC: Congresso de Inovação e Biotecnologia, 2019, Lajeado – RS. ANAIS DO I CONGRESSO DE INOVACAO E BIOTECNOLOGIA – INOVABIOTEC. Lajeado – RS: Editora Univates, 2019. v. 1. p. 110-110.
ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; LENZ, A. R. ; OLIVEIRA, N. S. ; BALBINOT, E. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Análise de elementos reguladores de celulases de Penicillium echinulatum: mapeamento in silico de sítios de ligação de fatores de transcrição e promotores-núcleo. In: XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores, 2019, Caxias do Sul. XXVII Encontro de Jovens Pesquisadores. Caxias do Sul: EDUCS, 2019.
OLIVEIRA, N. S. ; DE AVILA E SILVA, S. ; ABREU, F. P. ; LENZ, A. R. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Anotação e curadoria das glicosil hidrolases família 5 de Penicillium echinulatum linhagens 2HH e S1M29. In: XXVI Encontro de Jovens Pesquisadores, 2018, Caxias do Sul. XXVI Encontro de Jovens Pesquisadores. Caxias do Sul: Editora da Universidade de Caxias do Sul – EDUCS, 2018.
ABREU, F. P. ; LENZ, A. R. ; DE AVILA E SILVA, S. ; DILLON, A. J. P. ; NOTARI, D. L. . Análise de elementos promotores-núcleo na expressão do gene da celobiohidrolase (CBH1) de Penicillium echinulatum (S1M29). In: XXV Encontro de Jovens Pesquisadores, 2017, Caxias do Sul. XXV Encontro de Jovens Pesquisadores. Caxias do Sul: Editora da Universidade de Caxias do Sul – EDUCS, 2017.
Apresentações de trabalhos
LENZ, A. R.. Micoturismo nos biomas Mata Atlântica e Amazônia – Micotrilhas da Bahia. 2024. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LENZ, A. R.; SUAREZ, D. G. F. ; Restovic, M. I. V. . Aplicações de Bioinformática Auxiliando Cientistas na Tomada de Decisão. 2024. (Apresentação de Trabalho/Outra).
MELANDA, G. C. ; SILVA-FILHO, A. G. ; LENZ, ALEXANDRE RAFAEL ; MENOLLI JR., NELSON ; MARTIN, M. P. . Una visión general de 24 años de estudios filogenéticos moleculares en Phallales (Basidiomycota) con notas sobre sistemática, distribución geográfica, estilo de vida y comestibilidad. 2021. (Apresentação de Trabalho/Outra). XIV Maratón Científico del Real Jardín Botánico.
LENZ, ALEXANDRE RAFAEL. Caracterización in silico de CAZymes y Transportadores de azúcares de Penicillium echinulatum 2HH. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso). X Congreso de Biotecnología y Bioingeniería del Sureste: Simposio sobre Bioinformática y Genómica.
LENZ, A. R.; BALBINOT, E. ; OLIVEIRA, N. S. ; ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Identificação de alvos potenciais para melhoramento de linhagens de Penicillium echinulatum e o aprimoramento da produção de enzimas celulolíticas. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso). IX Congresso Brasileiro de Micologia.
LENZ, A. R.; BALBINOT, E. ; OLIVEIRA, N. S. ; ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Penicillium echinulatum: 40 anos do produtor de enzimas lignocelulolíticas. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso). IX Congresso Brasileiro de Micologia.
OLIVEIRA, N. S. ; LENZ, A. R. ; BALBINOT, E. ; ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Penicillium echinulatum e Anobium punctatum: relação simbiótica e especialização em produção de celulases. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso). IX Congresso Brasileiro de Micologia.
ABREU, F. P. ; LENZ, A. R. ; BALBINOT, E. ; OLIVEIRA, N. S. ; DE AVILA E SILVA, S. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Micotoxinas e linhagens fúngicas biotecnológicas: Mapeamento de genes em Penicillium echinulatum em vista de uma linhagem livre de micotoxinas. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso). IX Congresso Brasileiro de Micologia.
LENZ, A. R.; BALBINOT, E. ; OLIVEIRA, N. S. ; ABREU, F. P. ; DE AVILA E SILVA, S. ; CAMASSOLA, M. ; DILLON, A. J. P. . Concepção de linhagens de Penicillium echinulatum hiperprodutoras de coquetéis enzimáticos. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso). I INOVABIOTEC: Congresso de Inovação e Biotecnologia.
Bioinformática Viral
Artigos completos publicados em periódicos
VAZQUEZ, CYNTHIA ; FONSECA, VAGNER ; DE LA FUENTE, ANDREA GOMEZ ; GONZALEZ, SANDRA ; FLEITAS, FATIMA ; LIMA, MAURICIO ; GUIMARÃES, NATÁLIA R. ; IANI, FELIPE C. M. ; ROJAS, ANALIA ; ALFONSO, TANIA ; CANTERO, CESAR ; BARRIOS, JULIO ; VILLALBA, SHIRLEY ; ORTEGA, MARIA JOSE ; TORALES, JUAN ; GAMARRA, MARIA LIZ ; AQUINO, CAROLINA ; FRANCO, LETICIA ; RICO, JAIRO MENDEZ ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR . Exploring the Genomic Dynamics of the Monkeypox Epidemic in Paraguay. Viruses-Basel, v. 16, p. 83, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/v16010083
DA COSTA CASTILHO, MARCIA ; DE FILIPPIS, ANA MARIA BISPO ; MACHADO, LAIS CESCHINI ; DE LIMA CALVANTI, THAISE YASMINE VASCONCELOS ; LIMA, MORGANNA COSTA ; FONSECA, VAGNER ; GIOVANETTI, MARTA ; DOCENA, CASSIA ; NETO, ARMANDO MENEZES ; BÔTTO-MENEZES, CAMILA HELENA AGUIAR ; KARA, EDNA OLIVEIRA ; DE LA BARRERA, RAFAEL ; MODJARRAD, KAYVON ; GIOZZA, SILVANA PEREIRA ; PEREIRA, GERSON FERNANDO ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; BROUTET, NATHALIE JEANNE NICOLE ; CALVET, GUILHERME AMARAL ; WALLAU, GABRIEL LUZ ; FRANCA, RAFAEL FREITAS OLIVEIRA . Evidence of Zika Virus Reinfection by Genome Diversity and Antibody Response Analysis, Brazil. EMERGING INFECTIOUS DISEASES, v. 30, p. 1, 2024. http://dx.doi.org/10.3201/eid3002.230122
RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; DE LA ROQUE, DEBORA GLENDA LIMA ; SANTOS, ELAINE VIEIRA ; BORGES, JOSIANE SERRANO ; EVARISTO, MARIANE ; DA COSTA, PÉRICLES NATAN MENDES ; DE MATOS MAÇONETTO, JULIANA ; MARQUES, ADRIANA APARECIDA ; BACCARIN, ANEMARIE DINARTE ; OLIVEIRA, RENATA APARECIDA MACHADO ; JUNIOR, WILSON LAU ; BENINCASA, BRUNO IGLESIAS ; DE ANDRADE DA CRUZ, LUANA MARTINS ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; RIBEIRO, GABRIELA ; VIALA, VINCENT LOUIS ; DE LIMA, LOYZE PAOLA OLIVEIRA ; MARTINS, ANTONIO JORGE ; FONSECA, V. S. . Epidemiology of the SARS-CoV-2 Omicron Variant Emergence in the Southeast Brazilian Population. Microorganisms, v. 12, p. 449, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms12030449
XAVIER, JOILSON ; FONSECA, VAGNER ; ADELINO, TALITA ; IANI, FELIPE C. M. ; PEREIRA, GLAUCO C. ; DUARTE, MYRIAN M. ; LIMA, MAURICIO ; CASTRO, EMERSON ; OLIVEIRA, CARLA ; FRITSCH, HEGGER ; GUIMARÃES, NATALIA ; LAMOUNIER, LUDMILA O. ; Barreto, Fernanda Khouri ; BRAGA DE OLIVEIRA, CAMILO M. M. ; MAYMONE GONÇALVES, CRHISTINNE C. ; MALTA LIMA, DANIELLE ; DE OLIVEIRA, ELAINE C. ; DE CASTRO LICHS, GISLENE G. ; GOMES, IAGO ; MAZARO, JANAINA . A Multiplex Nanopore Sequencing Approach for the Detection of Multiple Arboviral Species. Viruses-Basel, v. 16, p. 23, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/v16010023
DE LA’ROQUE, DEBORA GLENDA LIMA ; SANTOS, ELAINE VIEIRA ; OLIVEIRA, RENATA APARECIDA MACHADO ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; RODRIGUES, EVANDRA S. ; FONSECA, VAGNER ; MARTINS, ANTONIO JORGE ; GIOMO, DENISE BERGAMASCHI ; TORRES, PAULA MARILIA AFONSO ; GENTIL, DANIELLE CRISTINA DACANAL ; CATOIA, ERIKA APARECIDA ; CHIQUITO, NATALIA DO CARMO ; MEDEIROS, ALESSANDRA PAULA SILVA SOARES ; YAMAMOTO, APARECIDA Y. ; PASSOS, LUZIA MÁRCIA ROMANHOLI ; CALADO, RODRIGO TOCANTINS ; BARROS, CLAUDIA RENATA DOS SANTOS ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO ; GIOVANETTI, MARTA . DENV-1 genotype V circulation during the nonepidemic period in the Northeast of São Paulo State endemic area. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY, v. 96, p. 1, 2024. http://dx.doi.org/10.1002/jmv.29526
CARMO, SAMUEL SULLIVAN ; TORRES, PAULA MARILIA AFONSO ; ROQUE, DEBORA GLENDA DE LA ; SANTOS, ELAINE VIEIRA ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO ; GIOVANETTI, MARTA ; FONSECA, VAGNER ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; GENTIL, DANIELLE CRISTINA DACANAL ; GIOMO, DENISE BERGAMASCHI ; KASHIMA, SIMONE ; PASSOS, LUZIA MÁRCIA ROMANHOLI . Mapping the Dynamics of Dengue Serotypes in the 2023 Epidemic: Insights from Spatial-Temporal Analysis and Emergence of the Cosmopolitan DENV-2 Genotype in Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil. International Journal of Health Science, v. 4, p. 2-9, 2024. http://dx.doi.org/10.22533/at.ed.1594282419035
BURGUEÑO, ANALÍA ; GIOVANETTI, MARTA ; FONSECA, VAGNER ; MOREL, NOELIA ; LIMA, MAURICIO ; CASTRO, EMERSON ; GUIMARÃES, NATÁLIA R. ; IANI, FELIPE C. M. ; BORMIDA, VICTORIA ; CORTINAS, MARIA NOEL ; RAMAS, VIVIANA ; COPPOLA, LETICIA ; BENTO, ANA I. ; FRANCO, LETICIA ; RICO, JAIRO MENDEZ ; LOURENÇO, JOSÉ ; JUNIOR ALCANTARA, LUIZ CARLOS ; CHIPARELLI, HECTOR . Genomic and eco-epidemiological investigations in Uruguay reveal local Chikungunya virus transmission dynamics during its expansion across the Americas in 2023.. Emerging Microbes & Infections, v. 1, p. 1, 2024. http://dx.doi.org/10.1080/22221751.2024.2332672
DE LA ROQUE, DEBORA GLENDA LIMA ; SANTOS, ELAINE VIEIRA ; POLICASTRO, LUCCA ROCHA ; DA COSTA, PÉRICLES NATAN MENDES ; EVARISTO, MARIANE ; YAMAMOTO, APARECIDA YULIE ; GIOMO, DENISE BERGAMASCHI ; TORRES, PAULA MARILIA AFONSO ; GENTIL, DANIELLE CRISTINA DACANAL ; MINTO, ELAINE CRISTINA MANINI ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; FONSECA, VAGNER ; DOS SANTOS BARROS, CLAUDIA RENATA ; MARTINS, ANTONIO JORGE ; CALADO, RODRIGO TOCANTINS ; PASSOS, LUZIA MÁRCIA ROMANHOLI ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO ; GIOVANETTI, MARTA ; COVAS, DIMAS TADEU . Exploring the Chikungunya Virus Landscape in a Dengue-Endemic Brazilian Area. Journal of Infection and Public Health, v. 1, p. 1, 2024. http://dx.doi.org/10.1016/j.jiph.2024.04.026
SAMPAIO, MARIA PAULA DE SOUZA ; ROSÁRIO, MATEUS SANTANA DO ; MARTINS, LORENA CUNHA ; TRINDADE, LUIZA VIEIRA LUEDY ; FRANCISCO, MARCOS VINICIUS LIMA DE OLIVEIRA ; COSTA, BERNARDO GRATIVAL GOUVEA ; VASCONCELOS, GESSICA ALMEIDA ; LIMA, ITALO ANDRADE BARBOSA ; MACÊDO, YASMIN SANTOS FREITAS ; CARVALHO, FERNANDA MARIA LESSA ; DE SANTANA, MARINA BORGES RABELO ; KHOURI, RICARDO ; FRITSCH, HEGGER ; XAVIER, JOILSON ; FONSECA, VAGNER ; GIOVANETTI, MARTA ; DE MELLO, ARABELA LEAL E SILVA ; PEREIRA, FELICIDADE MOTA ; CAMPOS, GUBIO SOARES ; DE JESUS, PEDRO ANTONIO PEREIRA . Detection of encephalitis-causing viruses reveals predominance of chikungunya virus in the state of Bahia, Brazil. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, v. 1, p. 107090, 2024. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijid.2024.107090
SCHUAB, GABRIEL ; TOSTA, STEPHANE ; MORENO, KELDENN ; FONSECA, VAGNER ; SANTOS, LUCIANE AMORIM ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; KASHIMA, SIMONE ; CICCOZZI, MASSIMO ; LOURENÇO, JOSÉ ; CELLA, ELEONORA ; DE OLIVEIRA, CARLA ; CAVALCANTI, ANDRÉA CONY ; JUNIOR ALCANTARA, LUIZ CARLOS ; DE BRUYCKER-NOGUEIRA, FERNANDA ; BISPO DE FILIPPIS, ANA MARIA ; GIOVANETTI, MARTA . Exploring the urban arbovirus landscape in Rio de Janeiro, Brazil: transmission dynamics and patterns of disease spread. Lancet Regional Health-Americas, v. 35, p. 100786, 2024. http://dx.doi.org/10.1016/j.lana.2024.100786
FABBRI, CINTIA ; GIOVANETTI, MARTA ; LUPPO, VICTORIA ; FONSECA, VAGNER ; GARCIA, JORGE ; BARULLI, CINTIA ; FEROCI, MARIEL ; PERRONE, SOFIA ; CASONI, DORALDINA ; GIAMPERETTI, SERGIO ; ALVAREZ LOPEZ, MARIA CRISTINA ; FOUSSAL, MARIA DELIA ; FIGUEREDO, MAURICIO ; SALVATIERRA, KARINA ; LEJONA, SERGIO ; DIAZ, NATALIA RUIZ ; CASTRO, GONZALO ; BRAVO, GABRIELA ; JACKEL, NOELIA ; SEN, CARINA . Tracing the Evolution of the Chikungunya Virus in Argentina, 2016-2023: Independent Introductions and prominence of Latin American Lineages. Emerging Microbes & Infections, v. 1, p. 1, 2024. http://dx.doi.org/10.1080/22221751.2024.2362941
MORENO, KELDENN MELO FARIAS ; DE ANDRADE, VIRGÍNIA ANTUNES ; DE MELO IANI, FELIPE CAMPOS ; FONSECA, VAGNER ; LIMA, MAURÍCIO TEIXEIRA ; DE CASTRO BARBOSA, EMERSON ; TOMÉ, LUIZ MARCELO RIBEIRO ; GUIMARÃES, NATÁLIA ROCHA ; FRITSCH, HEGGER MACHADO ; ADELINO, TALITA ; OLIVEIRA FEREGUETTI, TATIANA ; ASPAHAN, MAÍRA CARDOSO ; GAMARANO BARROS, TEREZA ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; GIOVANETTI, MARTA . Exploring Microorganisms Associated to Acute Febrile Illness and Severe Neurological Disorders of Unknown Origin: A Nanopore Metagenomics Approach. Genes, v. 15, p. 922, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/genes15070922
FERREIRA DA SILVA, LILIANE ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; FONSECA, VAGNER ; FRIAS, DIEGO ; UMAKI ZARDIN, MARINA CASTILHOS SOUZA ; DE CASTRO LICHS, GISLENE GARCIA ; ESPOSITO, ANA OLIVIA PASCOTO ; XAVIER, JOILSON ; FRITSCH, HEGGER ; LIMA, MAURICIO ; DE OLIVEIRA, CARLA ; CASTILHO DE ARRUDA, LARISSA DOMINGUES ; MAZIERO, LIVIA DE MELLO ALMEIDA ; RODRIGUES BARRETOS, ELLEN CAROLINE ; TSUHA OSHIRO, PAULO EDUARDO ; GIMENES MENDES MENEZES, EVELLYN FERNANDA ; DE FREITAS CARDOSO, LUCÉLIA ; FERREIRA LEMOS, EVERTON ; LOURENÇO, JOSÉ ; DE ALBUQUERQUE, CARLOS F. C. . Insights into SARS-CoV-2 Surveillance among Prison Populations in Mato Grosso do Sul, Brazil, in 2022. Viruses-Basel, v. 16, p. 1143, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/v16071143
CALABRIA DE ARAUJO, JULIANA ; CARVALHO, ANA PAULA ASSAD ; LEAL, CINTIA D. ; NATIVIDADE, MANUELLE ; BORIN, MARCUS ; GUERRA, AUGUSTO ; CAROBIN, NATÁLIA ; SABINO, ADRIANO ; ALMADA, MARIANA ; COSTA, MARIA CRISTINA M. ; SAIA, FLAVIA ; FRUTUOSO, LIVIA V. ; IANI, FELIPE C. M. ; ADELINO, TALITA ; FONSECA, VAGNER ; GIOVANETTI, MARTA ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR . Detection of Multiple Human Viruses, including Mpox, Using a Wastewater Surveillance Approach in Brazil. PATHOGENS, v. 13, p. 589, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/pathogens13070589
ADELINO, TALITA ; LIMA, MAURÍCIO ; GUIMARÃES, NATÁLIA R. ; XAVIER, JOILSON ; FONSECA, VAGNER ; TOMÉ, LUIZ MARCELO R. ; PEREIRA, MAIRA ALVES ; MACHADO, VANESSA FERREIRA ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; IANI, FELIPE C. DE MELO ; GIOVANETTI, MARTA . Resurgence of Dengue Virus Serotype 3 in Minas Gerais, Brazil: A Case Report. PATHOGENS, v. 13, p. 202, 2024. http://dx.doi.org/10.3390/pathogens13030202
TOSTA, STEPHANE ; MORENO, KELDENN ; SCHUAB, GABRIEL ; FONSECA, VAGNER ; SEGOVIA, FÁTIMA MARÍA CARDOZO ; KASHIMA, SIMONE ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO ; CICCOZZI, MASSIMO ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; LOURENÇO, JOSÉ ; CELLA, ELEONORA ; GIOVANETTI, MARTA . Global SARS-CoV-2 genomic surveillance: What we have learned (so far). INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 1, p. 105405, 2023. http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2023.105405
GIOVANETTI, MARTA ; FONSECA, VAGNER ; NAVEGANTES, WILDO ; ABREU, ANDRÉ LUIZ DE ; STABELI, R. ; VAZQUEZ, CYNTHIA CAROLINA ; ALBUQUERQUE, CARLOS FREDERICO CAMPELO DE ; RICO, JAIRO MENDEZ ; GALIANO, S. G. ; ALMIRON, MARIA ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR . Strengthening genomic surveillance capacity for epidemic-prone pathogens by training personnel from public health laboratories in Brazil and Paraguay. WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, v. 98, p. 63-68, 2023.
STOFFELLA-DUTRA, ANA GABRIELLA ; DE CAMPOS, BRUNA HERMINE ; BASTOS E SILVA, PEDRO HENRIQUE ; DIAS, KAROLINA LOPES ; DA SILVA DOMINGOS, IAGO JOSÉ ; HEMETRIO, NADJA SIMBERA ; XAVIER, JOILSON ; IANI, FELIPE ; FONSECA, VAGNER ; GIOVANETTI, MARTA ; DE OLIVEIRA, LEONARDO CAMILO ; TEIXEIRA, MAURO MARTINS ; LOBATO, ZELIA INES PORTELA ; FERREIRA, HELENA LAGE ; ARNS, CLARICE WEIS ; DURIGON, EDISON ; DRUMOND, BETÂNIA PAIVA ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; DE CARVALHO, MARCELO PIRES NOGUEIRA ; DE SOUZA TRINDADE, GILIANE . SARS-CoV-2 Spillback to Wild Coatis in Sylvatic-Urban Hotspot, Brazil. EMERGING INFECTIOUS DISEASES, v. 29, p. 664-667, 2023. http://dx.doi.org/10.3201/eid2903.221339
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Livros publicados/organizados ou edições
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GESTERIRA, A. S. ; SILVA, A. C. ; MICHELI, F. ; DIAS, R. J. C. ; CARELS, N. ; MACÊDO, J. N. A. ; CEITA, G. ; GRAMACHO, K. P. ; FRIAS, D. ; CASCARDO, J. Comparative analyses of resistant and susceptible Theobroma cacao–Crinipellis perniciosa interactions using ESTs. In: XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2005, Mérida. Proceedings of the XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2005. v. 1. p. 136-136.
GESTERIRA, A. S. ; MICHELI, F. ; ALVIM, F. C. ; CEITA, G. ; MACÊDO, J. N. A. ; PIROVANI, C. P. ; MATOS FILHO, J. E. O. ; VIDAL, R. ; FRIAS, D. ; CASCARDO, J. Depicting the plant-pathogen interaction Theobroma cacao-Crinipellis perniciosa using genomics and proteomics tools. In: THEOBROMA CACAO:ANCIENT CROP, MEDICINAL PLANT, SURPRISING FUTURE, 2004, Washington. THEOBROMA CACAO:ANCIENT CROP, MEDICINAL PLANT, SURPRISING FUTURE. Washington: National Academy of Sciences USA, 2004. p. 5.
Apresentações de Trabalhos
FRIAS, D.; GALVÃO-CASTRO, B. ; ALCANTARA, L. C. A study of tRNA and codon usage in concurrent HIV-host system. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
FRIAS, D.; GALVÃO-CASTRO, B. ; ALCANTARA, L. C. HIV and HTLV Codon Usage Data support a Common Hypothetical Transfer RNA Inactivation Therapy (TRIT). 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
FRIAS, D.; CARELS, N. . Programa de bioinformática para detecção automática de genes no DNA, independente da espécie. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
FRIAS, D.; GALVÃO-CASTRO, B. ; ALCANTARA, L. C. Choosing the most frequent codons in the host genes could not be an intelligent choice for virus adaptation. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
FRIAS, D.; GALVÃO-CASTRO, B. ; ALCANTARA, L. C. ; SALEMI, M. A parallel between genetic distances based on nucleotide substituion models in primate T-Cell Lymphotropic viruses and distances based on codon usage and tRNA availability in the host cells. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
FRIAS, D.; GALVÃO-CASTRO, B. ; ALCANTARA, L. C. A new tool for comparison of codon usage profile of HIV genomes and host cell. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
ORELLANA, E. V. ; FRIAS, D. A Model for Anaphylaxis Considering Reaction-Diffusion of Histamine. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
VIDAL, R. ; ALMEIDA, F. N. ; FRIAS, D. ; CASCARDO, J. Promoter Finding Procedure Applied to the Crinipellis perniciosa Fungus Incomplete Genome. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
VIDAL, R. ; FRIAS, D. ; CASCARDO, J. Aplicacão de Inteligência Artificial na Identificação de Promotores no Genoma do Fungo Crinipellis perniciosa – causador da Vassoura de Bruxa. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
ORELLANA, E. V. ; FRIAS, D. Modelo Computacional de Difusão de antígenos em Tecido Humano. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).